地球科学博士田所乘坐潜水艇“海神6500”号进行了一次深海调查，得出了一个惊人的结论——由于日本海沟附近的大规模地壳运动，日本列岛将在1年内沉没！其它科学工作者对田所的日本危机论根本不以为然。内阁总理大臣山本则对此十分重视，指派田所的前妻鹰森为应对危机的专门大臣。山本亲自奔走各国，商讨日本国民避难事宜，鹰森则找到了田所请教避免国土沉没的对策。而灭顶之灾来得比预料的更快。日本各地相继发生大规模地震和火山爆发，昔日繁华的大都市顷刻间沉入大海，整个日本陷入了大恐慌。在救灾行动中，海神6500号的船员小野寺俊夫邂逅了救护队员阿部玲子，两人协力救出了因阪神大地震而成为孤儿的仓木，并在彼此之间擦出了爱情的火花。面对这场巨大的灾难，人们开始了背水一战……