时间，发生在1865年(日本庆广纪年元年)。 

　　这是个仿佛不属于人类的世界，拥有最高权力的组织贵族院，不仅培养杀人如麻的杀人机器，甚至还可以控制时空。 

　　武士冈田以藏(中山一也饰)就是一个杀人机器，他被土佐勤皇党首领武市半平太所操纵，以“替天行道”的名义暗杀了不少幕府的要人，从而被世人赠送了一个恐怖的绰号——“刽子手以藏”。 

　　而现在以藏被押上了绞刑架，在一枪又一枪的痛苦极刑中，以藏充满绝望地离开了人世，享年28岁。 

　　但是……以藏的肉体虽然死去了，灵魂却穿越了时空，来到了现代的东京，并且借着一个流浪汉的身体复活了。复活后的以藏虽然忘记了前世的记忆，但是杀人的本能却没有改变，他作为杀人机器IZO在现代活跃着。直到有一天，以藏回忆起了生前的种种——对把自己当作狗一样对待的当权者的愤怒，自己作为刽子手的记忆。于是以藏在夜里疯狂飞奔，居然再次突破了时间空间的限制，回到了那个年代…… 

　　恐慌的当权者们召唤那些过去被以藏杀害，如今只能在人世间漂泊的冤魂们，希望可以借他们之手除去已经失去控制的以藏。但以藏不仅把所有的怨灵都斩尽杀绝，而且还又冲进了直属于贵族院管辖的寺院，大举屠杀了寺院里所有的人，包括贵族院的高层之一的大僧正(长门裕之饰)。 

　　贵族院的统治阶层意识到了事态的严重性。他们决定不择手段的除去以藏。不仅把最精锐的刺客派往了时空之中，甚至连只会打架的无赖、赌徒、不良少年等等都派去狙杀以藏。 

　　以藏不得不和他们展开一场又一场殊死的搏斗，逐渐变得伤痕累累……就在这时，一个名叫绫的年轻女人(桃井薰饰)出现在以藏的面前。她告诉以藏，自己的命运和以藏从前世就纠缠在一起了。以藏逐渐回忆起当初和绫美好的一点一滴。但，即使这些幸福美好的记忆，也无法阻止以藏的狂暴行为。