1943年三月，位于布雷奇利园区的英国破解密码团队─X机密工作站，面临了可怕的梦魇：纳粹德国的U型潜艇，毫无预警地更改了别号「谜」的密码，这是潜艇和德军最高指挥部的通讯密码。

　　正运送一万名乘客及重要补给物资横越大西洋的同盟国护航舰队，此刻危在旦夕，随时都可能遭U型潜艇埋伏攻击。英国当局再度向年轻的天才数学家汤姆杰瑞柯（道格瑞史考特饰）寻求协助，因为他是解码高手。

　　不为人知的是，杰瑞柯心中也有另一个无法解开的谜：就在情治单位怀疑布雷奇利园区可能有纳粹间谍渗透的同时，他心爱的女人克莱儿（赛芙蓉毕若丝饰）离奇失踪了。

　　为了解开心中的谜团，杰瑞科向克莱儿的好友海丝特（凯特温斯蕾饰）求助。

　　他们抢先特情局一步，对克莱儿神秘的生活展开调查。最后他们赫然发现，整个事件的幕后竟牵扯出一连串国际间军事的机密与人心的相互背叛……