从异形第一集到第三集与异形奋战而到最后牺牲的蕾普莉中尉（雪歌妮薇佛饰演），两百年后又再度复活了！只因为她不止是能与异形对抗的英雄，而且他身上带有异形这个种族所存留下来唯一的基因。在一艘航向地球的宇宙飞船上，科学家利用细胞组织萃取其基因，复制出与蕾普莉一样的人，也可以说是让蕾普莉复活，并成功地从她身上摘取出「异形女王」；然而，蕾普莉的DNA已混合了女王的基因，也渐渐发展出异形性格，甚至保留了前世的记忆。 

　　柯儿（薇诺娜瑞德饰）原本是地球派来的人造人（机械人），想要破坏异形诞生，装扮成太空海盗来到宇宙飞船上，他们发现科学家开始饲养异形。很不幸地，异形们逃出，工作人员纷纷丧命。如果就此航向地球，全人类将面临一场前所未有的大灾难。蕾普莉决定利用核弹炸毁宇宙飞船，并逃离宇宙飞船，逃离途中，面对唯利是图的人性，以及机械人却拥有人类已经消失的人性，让她无法接受。 

　　而且无意间发现一间实验室，里面全是当初复制蕾普莉的中间失败品，蕾普莉望着那些尸身肉块，不禁痛哭失声，对人性充满绝望。然而在面对异形结合了人类基因的最终形体，蕾普莉并无所惧，坦然地面对异形………。