在魅影危机后10年，银河系已经处于一片混乱和动荡之中。在变节的绝地武士杜库伯爵的策动之下，几千个太阳星系决定脱离银河系共和国，分离份子包围了数百个星球，力量强大的企业联盟向银河系摆出威胁的姿态，火力之强悍，连绝地武士也难以招架。各地的骚动都源起于酝酿已久的神秘原力，导致即将开始的复制人战争，也是银河共和国开始踏上灭亡之路。

    银河系共和国的联合议会决定组成临时军队，出兵攻打分离主义份子，而其中一名议员，也就是那卜星球前任女王艾米达拉（娜塔莉波曼饰），极力反对「以暴制暴」的策略，但并不是每个人都同意艾米达拉维护和平的决心，因此艾米达拉数次遭到刺杀。

    绝地武士欧比王（伊恩麦奎格饰）派出他的徒弟天行者安纳金（海登克理斯坦森饰），负责保护艾米达拉的安全。在『 星际大战 首部曲 ：威胁潜伏』还是十来岁小男孩的安纳金，此时已长成英俊挺拔的少年。

    当这个年轻人护送艾米达拉退到宛如世外桃源的安全避难所时，一种微妙、青涩的情绪开始滋生，这将挑战艾米达拉一向只以天下为己任的做事态度，以及安纳金为成为绝地武士应该恪遵「不得动怒，不得憎恨，不得动情」的誓言。在这动汤不安的迫切时机，他俩意识到他们所做的任何选择，不只会改变他们的命运，更是整个银河系共和国的未来。

    同时，欧比王为了进一步调查星际冲突的根源所在，冒著生命危险深入到遥远的海底世界。他发现这个蛮荒之地已有高度开发，同时正进行著各种不可思议的运作，这一切甚至可能影响银河未来的命运。星际战争爆发的时机，远比绝地武士、或整个共和国所想像的更加接近．．．